La historia de Morales se remota a más de tres siglos y medio, con la presencia de sus primeros moradores, los CUMBAZAS, nativos que al mando del ciudadano español don Lorenzo Morales Izúñiga se posicionaron en este lugar, formando el caserío a orillas del rio Cumbaza en el ańo de 1651.
Al principio el lugar presentaba muchos inconvenientes para los habitantes, sobre todo para los colonizadores y personas venidas de otros lugares, como que el terreno era muy accidentado, las temidas inundaciones del río Cumbaza debido a las crecientes de su caudal, la presencia de animales silvestres. Aún en tales condiciones el poblamiento de Morales fue creciendo poco a poco con el liderazgo de don Lorenzo y su familia.
Oficialmente, Morales fue fundado el 10 de octubre de 1656, por don Lorenzo Morales Izúñiga, que como se sabe llego por estas tierras acompañando al general Martín de la Riva y Herrera. Debido a su baja población ya que estaba conformado por un reducido número de familias se le considero como un caserío.
Luego en el año de 1874 en mérito al aumento de su población y a la extensión de su territorio, es elevado a categoría de aldea y el 31 de octubre de 1932 por Ley Nro. 7828, del Congreso Constituyente, es elevada a la categoría de Distrito siendo presidente de la república el general Luis M. Sánchez Cerro, título que hasta hoy conserva.
Hoy, Morales aspira a ser la ciudad lectora, pacifica, prospera, ecológica y saludable de la provincia y la región San Martín, que acoge con afecto y respeto a sus moradores y a toda persona que le visita, ya sea por sus paisajes, por sus campos de producción, en buena cuenta el distrito de Morales trata de ser el centro donde las familias encuentren espacios para fortalecer su convivencia, su desarrollo y bienestar social.
Cabe mencionar que en la actualidad, el distrito es considerado como balneario turístico de la provincia de San Martín, por sus recursos hídricos: el río Cumbaza, la laguna Andiviela y sus centros campestres.